La película involucra a Batman uniéndose a la pandilla de Scooby Doo cuando los villanos de ambos mundos se unen para causar estragos en la ciudad. Además de los clásicos villanos de DC como el Joker, Catwoman, Harley Quinn, el Acertijo, etc., junto a héroes como Aquaman, Black Canary y Plastic Man, la película también tiene villanos clásicos de Scooby Doo, como el Payaso Fantasma, el Space Kook y el Miner 49er.